本题考查契税应纳税额的计算。选项D当选，土地使用权出让的，其计税依据为土地的成交价格，具体包括土地出让金、土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、征收补偿费、城市基础设施配套费、实物配建房屋等应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。故房地产开发企业应缴纳的契税=（12 000+500+300）×4%=512（万元）。选项A不当选，仅以土地出让金扣除收到的财政返还土地出让金后的金额计算契税。选项B不当选，误将财政返还的土地出让金进行扣除并以此地计算契税。选项C不当选，仅以支付的土地出让金和土地补偿费来计算契税。提示：对承受国有土地使用权应支付的土地出让金，要征收契税。不得因减免土地出让金而减免契税。