本题考查契税计税依据的相关规定。
选项B当选，具体计算过程如下：
（1）土地使用权出售、房屋买卖，其计税价格为成交价格。该公司购入写字楼应纳契税税额=1 200×3%=36（万元）。
（2）公司以车换房，属于以实物交换房产的情形（而不属于土地、房屋权属互换），计税依据为应付的货币、实物及其他经济利益，即200万元。故该公司以车换房应纳契税税额=200×3%=6（万元）。
综上，该公司应缴纳契税=36+6=42（万元）。
选项A不当选，误认为以车换房属于土地、房屋权属互换的情形，以支付的差价作为计税依据。
选项C不当选，误认为写字楼的计税依据是其账面净值，且误认为以车换房属于土地、房屋权属互换的情形。
选项D不当选，误认为写字楼的计税依据是其账面净值。