A、E两项与工程师是否签发付款证书以及是否扣减承包商报表中部分金额无必然的因果关系，比如，A项所述的实际进度滞后应已体现在承包商提交的月支付报表中(应已体现在该表中经工程师审核的实际完成工程量上)，故不应再行扣减。因此A、E两项不符题意。指定分包商与一般分包商的区别主要有五方面，。在本题D项所述情况下，工程师可从承包商的本月应得款中扣除上月应支付而未付给指定分包商的款额，业主有权按工程师出具的付款证明将该笔金额直接支付给指定分包商。因此D项符合题意。