查明事故发生的经过、原因、人员伤亡情况及直接经济损失：这是事故调查的基础工作，只有全面、准确地了解事故发生的详细过程、导致事故发生的各种因素、人员伤亡的具体情况以及事故所造成的直接经济损失，才能为后续的事故分析和处理提供依据。故A选项正确。
认定事故的性质和事故责任：通过对事故相关情况的调查和分析，确定事故是属于责任事故还是非责任事故，以及明确事故中各相关方应承担的责任，为后续的处理提供定性依据。故B选项正确。
提出对事故责任者的处理建议：根据事故责任的认定结果，结合相关法律法规和规章制度，对事故中的责任单位和责任人提出合理的处理建议，包括行政处罚、纪律处分等不同形式的处理措施。故C选项正确。
总结事故教训，提出防范和整改措施：事故调查组需要从事故中总结经验教训，提出具有针对性和可操作性的防范和整改措施，以防止类似事故的再次发生，但并不负责限定并落实防范和整改措施，落实防范和整改措施是相关责任单位和部门的工作。故D选项错误。
提交事故调查报告：在完成各项调查任务后，事故调查组需要将调查结果和相关结论以书面形式形成事故调查报告，提交给有关部门和单位，为事故的处理和后续工作提供正式的文件依据。故E选项正确。