企业采用自营方式建造的厂房，工程领用生产用的原材料应负担的增值税不应计入厂房的建造成本，选项A错误；在建工程发生的临时设施费，计入在建工程成本，选项B正确；工程建设期间发生的工程物资盘亏净损失应计入所建工程项目的成本，选项C正确；工程达到预定可使用状态后，但尚未办理竣工决算前发生的借款费用，应计入当期损益（财务费用），不影响工程项目成本，选项D错误；因自然灾害造成的在建工程报废净损失，借记营业外支出，贷记在建工程，即冲减厂房建造成本，选项E正确。