选项A错误，已标价工程量清单中的单价项目，承包人应按工程计量确认的工程量与综合单价计算，如综合单价发生调整的，以发承包双方确认调整的综合单价计算工程进度款。选项B错误，由发包人提供的材料、工程设备金额，应按照发包人签约提供的单价和数量从工程进度款中扣除。选项D错误，若发生进度款支付超出实际已完成工程价款的情况，承包人应按规定在结算后30日内向发包单位返还多收到到的工程进度款。