预付款应在支付证书中按百分比扣减的方式偿还。如果在投标函附录中没有注明预付款扣减的百分比，则按照下面的方法扣减：（1）当期中支付证书的累计总额（不包括预付款及保留金的扣减与偿还）超过中标合同价（减去暂定金额）的10%时开始扣减；（2）按照预付款的货币的种类及其比例，分期从每份支付证书中的数额（不包括预付款及保留金的扣减与偿还）中扣除25%，直至还清全部预付款。在预付款完全偿还之前，承包商应保证预付款保函一直有效，但该预付款保函的总额应随承包商在期中支付证书中所偿还的数额逐步冲抵而减少。如果在该保函截止日期前28天预付款还未完全偿还，则承包商应该相应地延长预付款保函的期限，直到预付款完全偿还。