本题考查资源税的征税范围、计征方式和应纳税额的计算。
选项A当选，纳税人自采应税产品用于连续生产应税产品的，不缴纳资源税。
选项C当选、选项B不当选，纳税人以自采原矿直接销售，按照原矿税率计征资源税，故应纳资源税=1 000×4%=40（万元）。
选项D当选，铜矿、铝土矿属于金属矿产中的有色金属。
选项E不当选，铜矿、铝土矿都是从价计征资源税，石灰岩既适用从价计征资源税又适用从量计征资源税。