本题考查资源税应纳税额的计算。
选项B当选，原煤的资源税计税依据为应税产品的销售额，销售额按照纳税人销售应税产品向购买方收取的全部价款确定，不包括增值税税款。计入销售额中的相关运杂费用，凡取得增值税发票或者其他合法有效凭据的，准予从销售额中扣除。本题运输费用为“另收取”，本身未包含在销售额中，因此无须从中扣除，该部分运输费用也不应作为资源税计税依据。
综上，该煤矿企业当月应纳资源税=48 000×3%=1 440（元）。
选项A不当选，误将运杂费作为含税收入从销售额中扣除。
选项C不当选，误将运杂费作为含税收入并入销售额中。
选项D不当选，误将运杂费作为不含税收入并入销售额中。