本题考查一般计税方法下建筑服务预缴增值税的计算。选项A当选，一般纳税人跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2%的预征率计算应预缴税款。甲公司当月在B市应预缴增值税=（1 000-200）÷（1+9%）×2%=14.68（万元）。选项B不当选，误用5%的征收率作价税分离。选项C不当选，没有扣除分包款，误按照全额计算预缴税款。选项D不当选，误按照3%的预征率计算应预缴税款。