选项A，实质性分析程序应对的才是认定层次重大错报风险，风险评估阶段使用的分析程序是为了识别和评估重大错报风险；选项B，对于特别风险，如果注册会计师拟不信赖内部控制，应当实施细节测试，而实质性分析程序可进行选用；选项C，注册会计师在风险评估阶段和审计结束时的总体复核阶段必须运用分析程序，在实施实质性程序阶段可选用分析程序。