如果认为非财务报告内部控制缺陷为一般缺陷，注册会计师应当与企业进行沟通，提醒企业加以改进，但无须在内部控制审计报告中说明，选项A正确；如果认为非财务报告内部控制缺陷为重要缺陷，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和管理层沟通，提醒企业加以改进，但无须在内部控制审计报告中说明，选项B正确；如果认为非财务报告内部控制缺陷为重大缺陷，注册会计师应当以书面形式与企业董事会和管理层沟通，提醒企业加以改进；同时应当在内部控制审计报告中增加非财务报告内部控制重大缺陷描述段，对重大缺陷的性质及其对实现相关控制目标的影响程度进行披露，提示内部控制审计报告使用者注意相关风险，但无须对其发表审计意见，选项C错误，选项D正确。