针对第三时段的期后事项，如果管理层修改了财务报表，注册会计师应当根据具体情况对有关修改实施必要的审计程序，选项A正确；如果管理层修改了财务报表，注册会计师应当复核管理层采取的措施能否确保所有收到原财务报表和审计报告的人士了解这一情况，选项B正确；如果管理层修改了财务报表且修改仅限于反映导致修改的期后事项的影响，注册会计师应当仅针对修改延伸实施审计程序，并出具新的审计报告，选项C错误；如果注册会计师已经通知管理层或治理层，而管理层或治理层没有采取必要措施，注册会计师应当采取适当措施，以设法防止财务报表使用者信赖该审计报告，选项D正确。