选项A不正确，兼营房地产业务的企业，由当期收入负担的土地增值税应计入“税金及附加”；选项B不正确，兼营房地产业务的企业在项目竣工决算后收到退回多交的土地增值税应记入“应交税费——应交土地增值税”科目的贷方（前面预交时记入了“应交税费——应交土地增值税”科目的借方），不能作为其他收益；选项C不正确，兼营房地产业务的企业在项目竣工前预售商品房，将预交的土地增值税记入“应交税费——应交土地增值税”科目的借方；选项D正确，转让的国有土地使用权与其地上建筑物及其附着物一并在“固定资产”或“在建工程”科目核算的，转让时应交纳的土地增值税，借记“固定资产清理”“在建工程”科目，贷记“应交税费——应交土地增值税”科目，即企业转让作为固定资产核算的土地使用权及地上建筑物时，资产处置收益中应扣除应交纳的土地增值税。