选项A：对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许在计算土地增值税时扣除；选项B：开发小区的排污费、绿化费属于基础设施费，应作为房地产开发成本扣除；选项C：出售旧房过程中发生的评估费用可以在计算土地增值税时扣除；选项D：取得土地使用权时办理登记的手续费，应作为取得土地使用权所支付的金额扣除。