1.该工程的预付款=9000×10%=900（万元）。
（1）第一次预付款应在协议书签订后21天内，由承包人向发包人提交了经发包人认可的预付款保函，并经监理人出具付款证书报送发包人批准后予以支付。
（2）第二次预付款需待承包人主要设备进入工地后，其估算价值已达到本次预付款金额时，由承包人提出书面申请，经监理人核实后出具付款证书提交给发包人，发包人收到监理人出具的付款证书后的14天内支付给承包人。
2.本月承包人应得的工程款=600+20=620（万元）。
本月计划应扣回的保留金=620×10%=62（万元）。
本工程应扣回的保留金总额=9000×5%=450（万元）。
工程进展到上月底为止，累计已扣回保留金390万元，则本月实际应扣回的保留金为：450-390=60（万元）。
本月进度付款中累计扣回的工程预付款金额为：900/[（90%-20%）×9000]×[（3900+600+20）-20%×9000]=388.57（万元）。
工程进展到上月底为止，累计已扣回工程预付款300万元，则本月应扣回的工程预付款为：388.57-300=88.57（万元）。
故本月应扣回的工程款为：60+88.57=148.57（万元）。
3.本月实际应支付给承包人的工程款为：620-148.57=471.43（万元），大于月支付最低限额100万元。故本月监理工程师应签发支付证书，签发金额为471.43万元。
监理人在收到承包人月进度付款申请单后，应在14天内进行核查，并向发包人出具月进度付款证书，提出他认为应当到期支付给承包人的金额。
4.监理机构审核承包人提交的变更报价时，应依据批准的变更项目实施方案，按下列原则审核后报发包人：
（1）若施工合同工程量清单中有适用于变更工作内容的子目时，采用该子目的单价；
（2）若施工合同工程量清单中无适用于变更工作内容的子目，但有类似子目的，可采用合理范围内参照类似子目单价编制的单价；
（3）若施工合同工程量清单中无适用或类似子目的单价，可采用按照成本加利润原则编制的单价。