1.（1）“投标人应在第一阶段投标截止日前提交投标保证金”不妥当。
理由：实行两阶段招标的，招标人应要求投标人在第二阶段提交投标保证金。
（2）“投标人应在第一阶段提交的技术建议书中明确相应的投标报价”不妥当。
理由：第一阶段招标，投标人按照招标公告或者投标邀请书的要求提交不带报价的技术建议，招标人根据投标人提交的技术建议确定技术标准和要求，编制招标文件。
（3）“参加第二阶段投标人必须在第一阶段提交技术建议书的投标人中产生”妥当。
理由：在第一阶段招标中博采众议，进行评价，选出可接受的方案，然后在第二阶段中邀请被选中方案的投标者进行报价竞争。
（4）“第二阶段的投标评审应将商务标作为主要评审内容”妥当。
理由：第二阶段评标，对各技术标的优劣进行横向比较，选出几个较好的投标人，然后开启技术标被选中的投标人的商务标。
2.（1）不妥之处：施工单位在设备安装前发现部分配件采购数量不足。
正确做法：进场的设备质量应符合国家和行业现行的技术规定的合格标准和设计要求，并与说明书和包装上的质量标准相符，且应有相应的产品检验合格证，设备应有详细的使用说明等，设备数量移交时应按照合同约定清点清楚。
（2）施工单位提出补偿两个月的设备保管费是合理的。