《中华人民共和国传染病防治法》规定，医疗机构发现甲类传染病时，应当及时采取下列措施：对患者、病原携带者予以隔离治疗（不选A），隔离期限根据医学检查结果确定（不选C）；对疑似患者，确诊前在指定场所单独隔离治疗（选D）；对医疗机构内的患者、病原携带者、疑似患者的密切接触者，在指定场所医学观察和采取其他必要的预防措施（不选B、E）。