基金管理人内部控制机制的层次：
（1）员工自律（Ⅰ项）；
（2）部门各级主管的检查监督（Ⅱ项）；
（3）公司总经理及其领导的监察稽核部对各部门和各项业务的监督控制（Ⅲ项）；
（4）董事会领导下的审计委员会和督察长的检查、监督、控制和指导（Ⅳ项）。
Ⅴ项不属于基金管理公司内部控制机制的层次。
综上，Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ项符合题意。故本题选D选项。