选项A正确，当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理；选项B错误，当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，人民法院不予支持；选项C正确，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人；选项D错误，建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；选项E正确，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。