纳税人应进行土地增值税清算的情形：（1）房地产开发项目全部竣工、完成销售的（选项B）；（2）整体转让未竣工决算房地产开发项目的（选项C）；（3）直接转让土地使用权的（选项E）。选项AD：属于主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的情形。【考点】土地增值税的清算条件。参考轻一P264。