根据题意，初步诊断为猪传染性胃肠炎。猪传染性胃肠炎以呕吐，严重腹泻和脱水为特征。仔猪突然发病，先呕吐，继而水样腹泻，粪便为黄色、绿色或白色等，可含有未消化的乳凝块；明显脱水；母猪泌乳下降。猪传染性胃肠炎主要发生部位在空肠和回肠。因此用于荧光抗体染色检查最适宜的组织是空肠和回肠。