谷草转氨酶、γ-谷氨酰转肽酶在肝细胞受损时如活动性肝炎、肝硬化、肝癌时均有升高，无协助诊断意义。血清AFP 及其异质体是诊断肝癌的重要指标和特异性最强的肿瘤标记物，国内常用于肝癌的普查、早期诊断、术后监测和随访。对于AFP≥400μg/L超过1个月，或≥200μg/L持续2个月，排除妊娠、生殖腺胚胎癌和活动性肝病，应该高度怀疑肝癌；甲胎蛋白异质体超过甲胎蛋白总量的25％时提示系肝癌引起的甲胎蛋白升高，如小于25％提示其他情况引起的甲胎蛋白升高。放射性核素扫描诊断肝癌的缺点是敏感性不高，只能发现直径大于3cm的肝癌，因此目前不作为肝癌的首选诊断方法，但当肝癌需要做鉴别诊断时，可做核素扫描，例如肝癌做核素扫描时可有“阴性扫描”和“阳性扫描”的结果，而肝脓肿只有“阴性扫描”结果而无“阳性扫描”结果。