HCV为有包膜的单链RNA病毒，属于黄病毒属，存在于感染者肝细胞、白细胞和血浆中。HCV基因易变异，目前可至少分为6个基因型及多个亚型，在我国以1b型为主。HCV基因组可以分为编码区和非编码区，编码区中C区最为保守，而包膜区最易变异，其中含有高变区，这也是丙型肝炎疫苗难以成功研制的重要原因。