批签发过程中发现疫苗存在重大质量风险时应当：①批签发机构及时向国务院药品监督管理部门和省（区、市）药品监督管理部门报告；②立即对疫苗上市许可持有人进行现场检查；③根据检查结果通知批签发机构对疫苗上市许可持有人的相关产品或所有产品不予批签发或暂停批签发，并责令其整改；④疫苗上市许可持有人应当立即整改，并及时将整改情况上报。故选C。