突变即细菌的基因结构发生偶然的改变。一般突变会导致所编码蛋白质的改变，从而使细菌出现新的特性或失去原有的某些特性。当突变发生在DNA一对或少数几对碱基引起改变时，称为点突变。另一种类型的突变涉及大段DNA的改变如插入或缺失几百个碱基对，称为染色体畸变。