食品的卫生细菌学检验中，作为卫生学细菌检验指标的是菌落总数和大肠菌群。菌落总数是指食品检样经过处理后，在一定条件下培养后，所得1mg（ml）检样中所含菌落的总数。菌落总数主要作为判定食品被污染程度的标志。大肠菌群是一大群能发酵乳糖，产酸产气的革兰阴性无芽胞杆菌，以此来作为粪便污染指标来评价食品的卫生质量。