纳税人应进行土地增值税清算的情形有：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的，以及转让竣工房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积85%以上的，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。