这是一个传统的考核土地增值税计算的题目，考核传统的计算步骤和各项目的基本扣除规定。（1）确定转让收入5000万元（2）确定转让房地产的扣除项目金额：①取得土地使用权所支付的金额为2000万元②房地产开发成本为1000万元③房地产开发费用=100+（2000+1000）?%=250（万元）④与转让房地产有关的税金为54万元⑤从事房地产开发的加计扣除=（2000+1000）?0%=600（万元）⑥转让房地产的扣除项目金额=2000+1000+250+54+600=3904（万元）（3）计算转让房地产的增值额=5000-3904=1096（万元）（4）计算增值额与扣除项目金額的比率=1096/3904×100%=28.07%，适用税率为30%。（5）应纳土地增值税=1096×30%=328.80（万元）。