程序优于实体原则的基本含义为：在诉讼发生时税收程序法优于税收实体法适用。即纳税人通过税务行政复议或税务行政诉讼寻求法律保护的前提条件之一，是必须事先履行税务行政机关认定的纳税义务，而不管这项纳税义务实际上是否发生。适用这一原则，是为了确保国家课税权的实现，不因争议的发生而影响税款的及时、足额入库。