消化性溃疡的发病机制是对胃和十二指肠黏膜有损害作用的侵袭因素与黏膜自身的防御修复因素之间失去平衡。胃溃疡的发生主要是防御修复因素减弱，十二指肠溃疡主要是侵袭因素增强。高浓度胃酸和能水解蛋白质的胃蛋白酶是主要的侵袭因素。粗糙食物除直接损伤黏膜外，还能增加胃酸分泌。反流的胆汁、胰酶对胃黏膜有损伤作用。神经、精神因素通过迷走神经影响胃酸分泌和黏膜血流的调控。幽门螺杆菌感染一方面破坏胃、十二指肠的黏膜屏障，另一方面使胃酸和胃蛋白酶分泌增加，直接损害黏膜。