胃镜及胃黏膜活组织检査是最可靠的诊断方法通过胃镜在直视下观察黏膜病损。慢性非萎缩性胃炎可见红斑（点、片状或条状）、黏膜粗糙不平、出血点/斑；慢性萎缩性胃炎可见黏膜呈颗粒状、黏膜血管显露、色泽灰暗、皱襞细小。两种胃炎皆可见伴有糜烂、胆汁反流在充分活组织检查基础上以病理组织学诊断明确病变类型，并可检测幽门螺杆菌。