根据员工援助计划的内容和要求，可将该计划的实施分成六个阶段:
(1)问题诊断阶段
1)目的:了解问题的现状及原因，从而为针对性地提出科学有效的员工援助计划做准备。
2)主要关注的层面:组织层面、团队层面和个体层面。
3)方法:观察法、访谈法问卷调查法和文献法。
(2)方案设计阶段
1)以书面形式确立员工援助计划在企业活动中的地位和意义。
2)根据前一阶段所发现的问题确定此次服务的主要目标，并细化这些目标，并向相关人员公布。
3)根据此次员工援助计划详细的服务目的制定具体的、可操作的实施计划，并同时建立畅通无阻而迅速反应的服务渠道。在此阶段，我们还需要确保咨询资源(如人员和设施配备等)充足，参与人员的专业素质过硬，并在服务目标和操作计划敲定后，向每个参与EAP的工作人员澄清其各自职责及工作程序。
(3)宣传推广阶段。按照此阶段不同的宣传对象和不同的作用，分为两个层面:
1)管理者层面。针对管理者开展的宣传推广活动主要是为了取得上级领导的支持和理解，以保证活动的顺利实施。
2)一般员工层面。针对一般员工开展的宣传推广活动的目的在于在员工和咨询员中建立良好的互相信任关系，提高员工对服务的认可度。(4)教育培训阶段。与前一阶段一样，根据宣传对象和作用的不同，可分为两个层面:
1)管理者培训。目的是使管理者了解和掌握一定的心理知识和心理咨询技巧，以便在工作环境中发现、甄别、解决和预防员工心理问题。
2)员工培训。主要是讲授基本心理知识和自我管理技巧(如情绪管理、压力管理和实践管理等)，帮助员工了解自我，澄清困惑。可以采用多种方法进行培训，如专题讲座。团体辅导等。
(5)咨询辅导阶段。这一阶段与教育阶段的不同之处在于:教育培训阶段宛如给本科生上课，通常都是普及性的，偏重于基础性的东西，一次针对的对象数量也比较多;而咨询辅导阶段则犹如给研究生上课，它着重于针对个别员I的特殊问题进行心理咨询。同时，无论是教育培训阶段还是咨询辅导阶段，我们都要敏锐察觉工作生活环境的变化对员工问题的影响，及时对EAP的目标和手段作出合理调整，以适应组织和员工的需求。另外，我们还要注意保持并不断提高咨询人员的专业知识和技能，以增强他们解决问题的能力。
(6)项目评估和结果反馈阶段。及时科学地进行项目评估和结果反馈，有助于提高企业服务工作的质量，总结经验教训，不断改进工作。