梅毒树胶样肿病灶灰白色，大小不一，小至镜下可见，大到数厘米不等。该肉芽肿质韧而有弹性，如树胶，故而得名树胶样肿。镜下结构颇似结核结节，中央为凝固性坏死，形态类似干酪样坏死，弹力纤维尚保存。坏死灶周围肉芽组织中富含淋巴细胞和浆细胞，而上皮样细胞和朗格汉斯巨细胞较少，且必有闭塞性小动脉内膜炎和动脉周围炎。此又是有别于典型结核结节的形态特征。树胶样肿后期可被吸收、纤维化，最后使器官变形，但绝少钙化，这又和结核结节截然不同。