(1)审计组负责人及组内成员均缺乏计算机系统方面的专业技能存在缺陷。会计师事务所应当委托具有必要素质、专业胜任能力和时间的员工，按照法律法规、职业道德规范和业务准则的规定执行业务，以使会计师事务所和项目负责人能够根据具体情况出具恰当的报告。会计师事务所委派的项目组负责人A及其项目组其他人员均不具有甲公司审计工作需要的计算机信息技术知识，应该选派有专业能力的人员来承担该项工作。
(2)聘请参与甲公司计算机信息系统涉及的人参与审计工作不恰当。为鉴证客户提供属于鉴证业务对象的数据或其他记录会产生自我评价对独立性的威胁。张先生是参与甲公司计算机信息系统设计工作的人员，如果参与审计工作对甲公司计算机信息系统进行评价，属于是自己评价自己的设计成果。会产生自我评价对独立性的威胁。
(3)审计小组人员之间互相复核不恰当。复核人员应当是拥有适当的经验、专业胜任能力和责任感，因此，确定复核人员的原则是，由项目组内经验较多的人员复核经验较少的人员执行的工作，这样才能够达到复核的目的。A注册会计师安排项目组人员内部的交互复核，没有按照复核的要求选择恰当的复核人员，存在问题。(4)审计项目组成员之间存在专业问题争议尚未解决就出具审计报告是不恰当的。在业务执行中，存在意见分歧是正常的现象，只有经过充分的讨论，才有利于意见分歧的解决，会计师事务所应该制定切实可行的政策和程序来解决分歧，只有在意见分歧问题得到解决，项目负责人才能出具报告。如果在意见分歧问题得到解决前，项目负责人就出具报告，不仅有失应有的谨慎，而且容易导致出具不恰当的报告，难以合理保证实现质量控制的目标。在甲公司审计业务中，在存在专业意见分歧的情况下，仍然出具了审计报告是不恰当的。可能会导致出具不恰当的审计报告。
(5)出具审计报告后进行质量控制复核是不恰当的。需要进行项目质量复核的业务，应当要求在出具报告前完成质量控制复核。且对于复核提出的重大事项得到满意解决的基础上，项目负责人才能出具报告。甲公司的审计业务被评价为高风险业务，应该进行质量控制复核，对于复核时间的确定，应该是在出具审计报告前，而不是在出具审计报告后

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