（1）正确。
理由：已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的，主管税务机关可要求其进行土地增值税的清算。
清算时间：凡属税务机关要求纳税人进行土地增值税清算的项目，主管税务机关应当下发《土地增值税清算通知书》，纳税人应当在接到清算通知之日起90日内，到主管税务机关办理清算手续。
（2）该房地产开发企业的增值税销项税额=（7648-1750×80%×80%）/（1+9%）×9%+63/（1+9%）×9%=（7648-1120）/（1+9%）×9%+63/（1+9%）×9%=539.01+5.20=544.21（万元）
（3）该房地产开发企业应缴纳的城市维护建设税和教育费附加、地方教育附加=（544.21-350）×（5%+3%+2%）=19.42（万元）。
（4）可以扣除的取得土地使用权支付金额=（1750+52.5）×80%×80%=1153.6（万元）
可以扣除的开发成本=2250×80%=1800（万元）
该房地产开发企业计算土地增值税的增值额时，允许扣除的取得土地使用权支付金额和房地产开发成本合计数=1153.6+1800=2953.6（万元）。
（5）该房地产开发企业计算土地增值税的增值额时，允许扣除的房地产开发费用=2953.6×9%=265.82（万元）。
（6）准予扣除的税金=（539.01-350×80%）×（5%+3%+2%）=25.90（万元）
加计扣除=2953.6×20%=590.72（万元）
允许扣除项目合计=2953.6+265.82+25.90+590.72=3836.04（万元）
增值额=7648-539.01-3836.04=3272.95（万元）
增值率=3272.95÷3836.04×100%=85.32%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%。
应缴纳的土地增值税额=3272.95×40%-3836.04×5%=1117.38（万元）。

（2）要注意增值税纳税申报表的口径。还要注意房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），向政府支付的土地价款在计算增值税时可以扣除的规定；这里只能扣土地价，不能扣契税等相关税费。但计算土地增值税时，可以扣除的“取得土地使用权所支付的金额”中要包含契税等相关税费。
（4）取得土地只进行了80%面积的开发，开发的面积中，只有80%的比例实现了销售，土地已开发且实现销售的两个比例都要考虑。
只有已开发的部分，才会发生开发成本，没有开发的部分，不会发生开发成本。所以计算可以扣除的开发成本时，不用考虑开发比例，仅考虑销售比例即可。
（5）房地产开发费用的扣除比例要注意题目给定的条件，本题给出了9%的比例。没有明确给出比例的按照该类情形的上限（10%）扣除。
（6）计算企业整体应纳的增值税时，350万元作为进项税抵扣。但是计算土地增值税中可以扣除的税金及附加的基数时，进项税需要按照销售比例（80%）确定扣除，以此为基础计算出城建税和附加可以保证与销售额的配比性。
《土地增值税暂行条例》及其细则中没有扣除地方教育附加的规定，现实中各省的处理有所不同，因此考试时要注意看题目给的条件和要求，本题明确说明可以扣除地方教育附加，因此要考虑计算扣除。