1.监理人的拒绝合理。
原因：该部分的工程量超出了施工图的要求，一般来讲，也就超出了工程合同约定的工程范围。对该部分旳工程量监理人可以认为是乙方保证施工质量的技术措施，一般在甲方没有批准追加相应费用的情况下，技术措施费用应由乙方自己承担。
2.（1）监理人和乙方的执业行为不妥。
原因：根据《中华人民共和国合同法》和《建设工程施工合同（示范文本）》的有关规定，建设工程合同应当采取书面形式。合同变更是对合同的补充和更改，亦应当采取书面形式；在应急情况下，可采取口头形式，但事后应以书面形式予以确认。否则，在合同双方对合同变更内容有争议时，因口头形式协议很难举证，只能以书面协议约定的内容为准。本案例中甲方要求暂停施工，乙方亦答应，是甲、乙双方的口头协议，且事后并未以书面的形式确认，所以该合同变更形式不妥。在双方发生争议时，只能以原书面合同规定为准。
（2）根据《建设工程施工合同（示范文本）》规定，应按照下列原则调整：
①已标价工程量清单或预算书中有相同项目的，按照相同项目单价认定。
②已标价工程量清单或预算书中无相同项目，但有类似项目的，参照类似项目的单价认定。
③变更导致实际完成的变更工程量与已标价工程量清单或预算书中列明的该项目工程量的变化幅度超过15%的，或已标价工程量清单或预算书中无相同项目及类似项目单价的，按照合理的成本与利润构成的原则，由合同当事人商定（或确定）变更工作的单价。
3.监理人应作出的处理：
（1）对处理孤石引起的索赔，这是地质勘探报告未提供的，施工单位预先无法估计的地质条件变化（不利的物质条件），属于甲方应承担的风险，应给予乙方工期顺延和费用补偿。
（2）对于天气条件变化引起的索赔应分两种情况处理：
①对于前期的季节性大雨这是一个有经验的承包商预先能够合理估计的因素，应在合同工期内考虑，由此造成的工期延长和费用损失不能给予补偿。
②对于后期特大暴雨引起的山洪暴发不能视为一个有经验的承包商预先能够合理估计的因素，应按不可抗力处理由此引起的索赔问题。根据合同约定，属于甲方提供的道路和管线被冲坏，应由甲方承担；属于乙方自行接引的道路和管线被冲坏，应由乙方承担；被冲坏的甲方施工现场办公用房以及已施工的部分基础、被冲走的部分材料、工程清理和修复作业等经济损失应由甲方承担；损坏的施T.设备、受伤的施工人员以及由此造成的人员窝工和设备闲置，损坏的乙方施工现场办公用房等经济损失应由乙方承担；工期应予顺延。
4.发现出土文物后，承包人应采取合理有效的保护措施，防止任何人员移动或损坏上述物品，立即报告有关政府行政管理部门，并通知监理人。同时，就由此增加的费用和延误的工期向监理人提出索赔要求，并提供相应的计算书及其证据。

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