在代理药品销售并收取佣金的情况下，会计分录如下：

确认佣金收入时：

借：应收账款/银行存款

贷：主营业务收入/其他业务收入

贷：应交税费——应交增值税（销项税额）

收到佣金时：

借：银行存款

贷：应收账款

说明：

若佣金收入是公司的主营业务，则计入“主营业务收入”；若是附带业务，则计入“其他业务收入”。

根据税法规定，佣金收入需缴纳增值税，因此需贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”。

示例：
假设某公司代理药品销售，收到佣金10,000元，增值税税率6%。

确认佣金收入时：

借：应收账款 10,000

贷：主营业务收入/其他业务收入 9,434

贷：应交税费——应交增值税（销项税额） 566

收到佣金时：

借：银行存款 10,000

贷：应收账款 10,000

具体科目和金额应根据实际情况调整。