有些传染病在临床恢复后，已进入恢复期，体温已完全正常一段时间，体内潜伏的病原体再度繁殖至一定程度，使初发病的症状再度出现，称为复发，如伤寒、疟疾。如患者已进入恢复期，体温尚未下降至正常时又出现发热，此称之为再燃。传染病患者在恢复期结束后，机体有些功能仍未恢复而遗留较明显的异常，称为后遗症，多见于中枢神经系统传染病如脊髓灰质炎及流行性乙型脑炎等。