污染物进入机体后，对各器官并不产生同样的毒作用而只对部分器官产生直接毒作用，这些器官称为靶器官。靶器官不一定是效应器官。污染物作用于靶器官后，其毒作用直接由靶器官表现出来，则此靶器官是效应器官。但这种毒作用也可以通过某种病理生理机理，由另一个效应器官表现出来，例如，有机磷农药作用于神经系统，会抑制胆碱酶活性，造成胆碱能神经突触处乙酰胆碱积累，结果表现为瞳孔缩小、流涎、肌束颤动等。因此，有机磷农药的靶器官是神经系统，而效应器官则是瞳孔、唾液腺和横纹肌等。