柔嫩艾美耳球虫病的病变发生在盲肠。在急性型病例中，两侧盲肠显著肿大，外观呈酱油色或暗红色，肠腔内充满凝固新鲜暗红色的血液，盲肠上皮增厚或脱落。稍后死亡的病例，盲肠质地较正常坚实，肠腔内充满由血凝块、坏死物质及炎性渗出物凝固形成的栓子，称为肠芯，盲肠壁增厚，有坏死溃疡病灶。可用饱和盐水漂浮法或直接涂片法检查粪便中的球虫卵囊。对病死鸡，可刮取肠黏膜镜检有无各发育阶段虫体。
防控：药物预防选用地克珠利、妥曲珠利、氨丙啉、盐霉素、磺胺类等。
免疫预防可选用球虫疫苗，分别是利用野外分离的未致弱的活卵囊制成的疫苗，另一类是人工致弱活弱毒疫苗。