拓扑异构酶是一类可以改变DNA拓扑性质的酶，有Ⅰ和Ⅱ两种类型。Ⅰ型可使DNA的一股链发生断裂和再连接，反应无需供给能量。Ⅱ型又称为旋转酶，能使DNA的两股链同时发生断裂和再连接，需要由ATP提供能量。两种拓扑异构酶在DNA复制、转录和重组中都发挥着重要作用。