根据《中华人民共和国动物防疫法》的规定，对检疫不合格的动物、动物产品，货主应当在动物卫生监督机构监督下按照国务院农业农村主管部门的规定处理，处理费用由货主承担。所以对检疫不合格的动物、动物产品进行处理义务的主体是货主。
动物卫生监督机构主要负责监督货主进行处理等相关工作，而不是直接承担处理义务；动物疫病预防控制机构主要职责是开展动物疫病的监测、检测、诊断等技术工作，不负责对检疫不合格产品的处理；兽医主管部门负责动物防疫工作的行政管理等，也不是处理的直接主体；商务主管部门一般负责与商务流通等相关的管理工作，与本题所涉及的检疫不合格动物及产品处理义务无关。