始基囊肿是发生于成釉器发育的早期阶段，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症和损伤刺激之后，成釉器的星网状层发生变性，并有液体渗出，积蓄在颌骨中称为牙源性的颌骨囊肿。而非牙源性囊肿是有胚胎发育过程中残留的上皮发展而来，故亦称牙源性外胚上皮囊肿，包括球上颌囊肿、鼻腭囊肿、正中囊肿、鼻唇囊肿。