龈沟深度是指从龈沟底到龈缘的距离。组织学研究证明，用钝头的牙周探针探测龈沟时，探针并不终止于结合上皮的最冠方，而是进入结合上皮内的1/3～1/2,炎症时探针尖端会穿透结合上皮而进入有炎症的结缔组织内，终止于炎症的结缔组织下方正常纤维的冠方。这是因为沟底结合上皮既无角化层，也无上皮钉突，细胞间隙大，细胞之间的联系疏松，上皮通透性高，因此易被机械力穿透或撕裂，在进行牙周探诊检查时，探针会穿透到结合上皮内，使临床探诊深度大于组织学深度，在炎症时结缔组织中胶原纤维破坏消失，组织对机械力的抵抗减弱，易被探针穿透。