菌斑微生物作为牙周病始动因子的证据有：实验性龈炎的发生与菌斑的堆积情况有关；流行病学调查发现牙周病的分布，患病和严重程度与该人群的口腔卫生情况菌斑的积聚多少呈正相关；机械取出或抗菌治疗有效；实验动物证明，无细菌不会引起龈炎；宿主免疫反应，牙周病患者的血清中或龈沟液内可有高滴度的抗体，而菌斑生物膜具有较强抵抗力，其内细菌为牙周疾病的主要致病菌不是菌斑微生物作为牙周病始动因子的证据，故本题选D。