当湖泊、水库等缓流水域接纳过多含磷、氮的污水时，可使藻类等浮游生物大量繁殖形成水体富营养化。由于占优势的浮游生物的颜色不同，水面往往呈现不同颜色，这种情况出现在淡水中时称水华，发生在海湾时叫赤潮。藻类繁殖迅速生长周期短，死亡后通过细菌分解，不断消耗水中溶解氧使水质恶化，危及鱼类及其他水生物的生存。藻类及其他生物残体在腐烂过程中，又把生物所需的磷、氮等营养物质释放到水中，供新一代藻类利用。在富营养化水体中藻类大量繁殖聚集在一起，浮于水面可影响水的感观性状，使水质出现异臭异味。藻类产生的黏液可黏附于水生动物的腮上，影响其呼吸，导致水生动物窒息死亡，如夜光藻对养殖鱼类的危害极大。藻类大量繁殖死亡后，在细菌分解过程中不断消耗水中的溶解氧，使水中溶解氧含量急剧降低，引起鱼、贝类及其他水生物因缺氧而大量死亡，造成较大的经济损失。